التخطيط المعماري لجامع محمد على باشا هو عبارة عن مساحة مستطيله
تنقسم إلى قسمين الأول وهو القسم الشرقي وهو المكان المعد للصلاه
والغربي وهو الصحن وتتوسطه فسقية للوضوء
ولكل من القسمين بابين أحدهما جنوبي والأخر شمالى.
ويتكون القسم الشرقى للجامع من مساحة مربعة الشكل
طول كل ضلع من أضلاعها 41 مترا تتوسطها قبة قطرها 21 مترا
وارتفاعها 52 مترا من مستوي أرضية الجامع محمولة على أربعة عقود كبيرة
محمولة على أربعة أكتاف مربعة يحيط بها أربع أنصاف قباب
بالإضافة إلى نصف قبة فى مستوي أقل تغطي المحراب
ويمتاز جامع محمد على باشا بعدة مميزات معمارية وفنية جعلته متفردا فمئذنتيه شاهقتين
إذ يبلغ ارتفاعها حوالي 84 مترا فإذا أضفنا إليها
ارتفاع القلعة المشيد عليها الجامع فيبلغ حوالى 80 مترا
وبهذا يصل ارتفاع المئذنتين إلى حوالى 164 مترا عند مستوى البحر
كما نجد أن عدد المشكاوات التى توجد بهذا الجامع هو 365 مشكاة بعدد أيام السنة
لوحظ أنها تعزف ألحانا موسيقية فى حالة الهدوء
[
كما تميز الجامع بظاهرة صدي الصوت الظاهر عند ارتفاع الأصوات
داخل بيت الصلاة لأنه كان يوجد عدد كبير من الزلع - أواني فخاري.
اما المقصورة التى دفن بها محمد على باشا فإنها تقع فى الركن الجنوبى الغربى للجامع
وهى عبارة عن مقصورة نحاسية مذهبة جمعت بين الزخارف العربية والتركية والمصرية
يتوسطها تركيبة رخامية بها قبر محمد على باشا وقد بطنت الجدران الداخلية للمقصورة
بالحرير الأخضر الفاخر ومن مميزات هذه المقصورة
أنها كاتمة للصوت بحيث أن من يقرأ القرآن بداخل المقصورة
لا يسمعه من بالخارج.موضوعة على فوهاتها ولكن مع التجديد الذى تم فى عصر الملك فؤاد لم توضع فى أماكنها، وداخل الضريح كتبت سورة الملك بماء الذهب .
ومن الباب الذى يتوسط الجدار الغربي للمسجد يتوصل إلى الصحن وهو فناء كبير مساحته 53 مترا * 54 مترا يحيط به أربعة أروقة ذات عقود محمولة على أعمدة رخامية تحمل قبابا صغيرة زخرفت من الداخل بالزخارف الملونة ومغشاة من الخارج بألواح من الرصاص مثل القبة الكبيرة أما الجهة الشرقية فتشرف على الجامع ومكتوب على أعتاب الشبابيك آيات من القرآن الكريم بالخط الفارسي وبوسط الصحن الميضأة أو الفوارة وهى عبارة عن قبة أنشئت سنة 1263هـ مقامة على ثمانية أعمدة من الرخام تحمل عقودا تكون شكلا منشورا ثماني الأضلاع فوقه رفرف به زخارف بارزة ويتوسط هذه القبة قبة أخرى رخامية مثمنة الشكل نقش على أضلاعها عناقيد العنب وبها آية قرأنية بالخط الفارسي ويتوسط الرواق الغربي بالصحن برج من النحاس المخرم والزجاج الملون بداخله ساعة أهداها لويس فيليب ملك فرنسا لمحمد على باشا سنة 1845م مقابل المسلة الفرعونية التى تجمل ميدان الكونكورد فى باريس حاليا